Hester van Nouhuijs is tot 2003 verbonden geweest aan het Oogziekenhuis Rotterdam, waar zij zich specialiseerde in staar- en ooglidoperaties en refractiechirurgie. Hierna verbleef zij enkele maanden in het Moorfields Eye Hospital in Londen, voor verdere specialisatie in de oculoplastische chirurgie (ooglidoperaties). Van 2000 tot 2011 was zij werkzaam in het Diaconessenhuis Leiden als cataract- en ooglidchirurg en algemeen oogarts. Zij is medeoprichter van Rijnzicht Oogkliniek waar zij sinds 2004 naast oogarts tevens medisch directeur is. Van 2007-2010 bestuurslid van het Nederlands Gezelschap voor Refractie Chirurgie (NGRC). Hester van Nouhuijs is een van de oprichters van Oogkliniek De Horsten in Wassenaar, waar zij sinds 2011 werkzaam is als oogarts.